När Nelly Lenz återvänder till Berlin luktar det fortfarande av bomber och lik. Hon har mirakulöst överlevt helvetet i lägren. Ansiktet är dock en röra, och tack vare vännen Lene får hon vård på en klinik för plastikkirurgi.
Med sitt gamla ansikte ”rekonstruerat”, och en persona så bestulen på mänskligt värde att hon enbart klarar av att hasa fram, ger sig Nelly ut på stadens ruinlika gator. Trots Lenes varningar tänker hon söka upp Johnny. Johnny, som hon älskade och saknade så mycket att hon inte dog. Johnny som kanske lät Gestapo veta.
Phoenix är en film om människor i chock. Om ett land i chock och ett folk i chock. Tyskarna står på ena sidan, handfallna, paralyserade, och ändå knappt medvetna om brotten de begått. Judarna och meningsmotståndarna på den andra, fyllda av dystert hat eller oförmögna att acceptera vem.
Filmen är byggd kring ett trevande och bisarrt försök att återskapa det som varit. Ett försök som enbart kan utmynna i misslyckande och krass insikt. Resultatet är lika bistert som gripande. I en film där varje scen blir en ny metafor för de gigantiska sår som kriget rivit upp, och som ingen knappt ens vågar tänka på.
