Anna är utanför och smärtsamt medveten om det. Det är som att hon blivit stämplad som oönskad och har ingen lust att anpassa sig för att ändra på det heller, trots att ensamheten skaver. När hon blir skickad till släktingar på landet för att bota sin astma upplever hon alltså ingen större skillnad förutom miljöombyte. Hon tecknar som vanligt, undviker människor som vanligt, hatar sig själv som vanligt – tills hon träffar Marnie.
Anna och Marnie delar ensamheten och blomstrar i varandras närvaro. De möts i hemlighet, i närheten av Marnies mystiska hus i marsklandet där Anna ofta drabbas av det lynniga tidvattnet som verkar gå och komma likt Marnie själv. Det står snart klart att det är något som inte stämmer med Marnie och hennes hem, men Annas växande besatthet hindrar henne inte från att sätta sig själv i fara bara för att få en kort stund med sin enda vän. Men fler känner till Marnie och Anna står framför en känslosam konfrontation med sanningen.
När Marnie var där är så oerhört vackert animerat och ljudsatt att storyn nästan blir sekundär, men när man lämnat salongen lever Annas historia kvar. Det är en (för Studio Ghibli) modig produktion där man kan urskilja komplexa teman, även om de inte vågar gå hela vägen. Anna och Marnies relation är den av förälskelse, trots att filmen inte kan sägas skildra lesbisk kärlek. Utanförskapet de upplever är både skapat inifrån och utifrån dem, exempelvis i hur deras utländska bakgrund påpekas. Men de båda gör sig heller inte ”enklare” att tycka om, utan har direkt osympatiska drag.
Det är detta djup som gör När Marnie var där till en av de mer spännande, och rörande, filmerna från den snart pensionerade Studio Ghibli. Den är barntillåten, men liksom Det blåser upp en vind och Jag kan höra havet är det inte en film för alla barn.